Střela Genesis, kterou vypálil Khan, proměnila inertní mlhovinu Mutara na novou planetu kypící životem. Genesis ale také dokáže existující světy ničit. Její tvůrci si přáli, aby k převratnému objevu měli přístup všichni. Velitelství Hvězdné flotily se ale obává, že se z ní stane nástroj zla. A nepřátelé Federace nepřestanou, dokud se této nejmocnější zbraně v galaxii nezmocní. Spock je mrtev, posádka Enterprise truchlí a doktor McCoy trpí, protože mu Spock před svou smrtí vložil do hlavy svoji katru. Admirál James T. Kirk neváhá ani okamžik, s pomocí svých přátel – kolegů z posádky ukradne Enterprise a vydává se na planetu Genesis. Netuší, jak obtížný úkol má před sebou ani jaká osobní tragédie ho postihne…